Az intézet a magyarországi kommunista rendszer idején sokszor szenvedett sérelmeket és került veszélybe, emiatt pedig „a Szentszéknél keresett és talált segítséget" – olvasható az MTI-hez is eljuttatott levélben.

„Most tehát örömmel értesültünk arról, hogy ez az intézet alapításának 75. évfordulóját ünnepli. Ezért ki szeretnénk fejezni iránta érzett jóindulatunkat és őszinte jókívánságainkat ezzel a levéllel, melyet hozzád intézünk, Tisztelendő Testvérünk, aki valamikor növendékként laktál ott, most pedig Magyarország prímása vagy, és ennek a pápai intézetnek a protektori tisztségét viseled" – írta Ferenc pápa a bíborosnak.

A magyar papnövendékek képzésére 1579-ben alapították meg Rómában a Magyar Kollégiumot, amely a rákövetkező évben egyesült a Német Kollégiummal, így jött létre a ma is működő Pontificium Collegium Germanicum et Hungaricum. A XIX. században merült fel a már felszentelt papok római továbbképzésének kérdése. Ebben közrejátszott, hogy 1881-ben megnyitották a Vatikáni Titkos Levéltárat, ezért sorra alakultak Rómában a vatikáni levéltári kutatásokat támogató nemzeti tudományos és kulturális intézetek.

A magyar történeti intézet létrehozásának fő szervezője Fraknói Vilmos (1843-1924) történetíró, nagyváradi kanonok volt, aki saját költségén építtetett villát Rómában erre a célra. Az épületben ma Magyarország szentszéki nagykövetsége működik.

A magyar állam 1927-ben vásárolta meg a Róma központjában álló, az itáliai barokk építészet egyik legnagyobb alakjának, Francesco Borromininak (1599-1667) a tervei alapján épült Falconieri-palotát. Itt kezdte meg működését 1928-ban a korábbi történeti intézetet is kiváltó Római Magyar Akadémia.

Az akadémián működő, de nagy mértékben autonóm papi osztály 1940-ben önállósult, amikor XII. Piusz pápa megalapította a Pápai Magyar Intézetet, engedélyezve számára a „pápai" elnevezés használatát.