Magyarország és az Apostoli Szentszék a trianoni békeszerződés után, 1920. július 26-án lépett diplomáciai kapcsolatra. XV. Benedek pápa fogadta Somssich József grófot, Magyarország pápai követét, szeptember végén pedig megérkezett Budapestre Lorenzo Schioppa pápai nuncius. A hivatalos diplomáciai kapcsolat a balul sikerült kiugrási kísérlet és a nyilas hatalomátvétel után, 1944. október 16-án szűnt meg, Angelo Rotta pápai nuncius 1945. április 3-án hagyta el a magyar fővárost. (A nemzetközi jog szerint ugyanis megszűnik a diplomáciai kapcsolat a Vatikán és az illető ország között, ha a fogadó ország államfőjének személyében változás következik be, és a viszonyt nincs kivel felújítani. Amikor Horthy Miklós kormányzót lemondatták a németek, ez a helyzet állt elő.)   

Az 1945-ös földosztás során a magyarországi egyházi földeket is államosították, a kommunista hatalomátvétel után megkezdődött az egyház, a papok üldözése. Amikor Mindszenty József bíboros-hercegprímást 1948. december 26-án a kommunista hatóságok letartóztatták, majd a Budapesti Népbíróság 1949. február 8-án életfogytiglani börtönbüntetésre ítélte, XII. Pius pápa is megbélyegezte a súlyos ítéletet, a kapcsolatok mélypontra jutottak.   

A változás az 1960-as évek első felében kezdődött: 1964. szeptember 15-én, kétéves tárgyalássorozat után Prantner József miniszter, az Állami Egyházügyi Hivatal elnöke és Agostino Casaroli, a Rendkívüli Egyházi Ügyek Szent Kongregációjának helyettes titkára Budapesten aláírta az Apostoli Szentszék és a Magyar Népköztársaság részleges egyezményét a magyarországi püspökök kinevezéséről, valamint az egyház szabad lelkipásztori tevékenységéről. Ez volt az első nemzetközi jogi érvényű egyezmény a Vatikán és egy szocialista ország között. VI. Pál pápa aznap hat katolikus főpásztort nevezett ki Magyarországon.   

Az 1964. évi megállapodás huszonötödik évfordulóján, 1989. szeptember 5-én Németh Miklós miniszterelnök levelet juttatott el Agostino Casarolihoz, aki akkor már bíboros-államtitkár és a Vatikán Egyházi Közügyek tanácsának elnöke volt, kezdeményezve a diplomáciai viszony rendezését. 1990. február 9-én a magyar miniszterelnök és a bíboros-államtitkár Budapesten aláírta a diplomáciai kapcsolatok helyreállításáról szóló megállapodást a Magyar Köztársaság részéről nagykövetség, a Szentszék részéről nunciatúra szintjén. A felek ekkor helyezték hatályon kívül az 1964. szeptember 15-én aláírt részleges megállapodást.   

Hét év múlva, 1997. június 20-án Horn Gyula miniszterelnök és Angelo Sodano bíboros, a római Kúria államtitkárságának vezetője (kormányfő) a Vatikánban írta alá a katolikus egyház magyarországi közszolgálati és hitéleti tevékenységének finanszírozásáról, valamint néhány vagyoni természetű kérdésről szóló megállapodást. Az egyezmény rendezte a katolikus egyház költségvetési támogatását, valamint a felekezeti oktatás és a katolikus egyház volt ingatlanjainak kérdéskörét is. Az egyezményt 1997. december 2-án ratifikálta a magyar Országgyűlés, dokumentumait 1998. április 3-án Budapesten cserélték ki a felek, amivel hatályba is lépett, s az 1999. évi LXX. törvénnyel hirdették ki.   

Az újabb átfogó magyar-vatikáni megállapodásra 2013. október 21-én került sor, amikor Semjén Zsolt miniszterelnök-helyettes és Alberto Bottari de Castello apostoli nuncius Budapesten aláírta a Magyarország és az Apostoli Szentszék közötti 1997-es egyezmény módosítását. Eszerint az államival azonos módon biztosítják a katolikus egyházi intézmények finanszírozását, a megállapodás kitér az adó egy százalékának kérdésére, a katolikus felsőoktatás és a közgyűjtemények helyzetére, emellett rendezi a római Pápai Magyar Intézet jogi helyzetének régóta húzódó ügyét is.