Immár 18 éve, 1993-ban az ún. Alapító Levéllel hozta létre néhány elkötelezett kereszténydemokrata a KDNP szellemi alkotó közösségét, a Protestáns Műhelyt. A gyökerek egy évvel korábbra, 1992-re nyúlnak vissza: különböző háttérbeszélgetések után, 1992. március 25-én Lukáts Miklós államtitkár hivatali szobájában alakult meg – ahogy akkor nevezték – a KDNP Protestáns Szellemi Műhelye. Az alakulásnál jelen volt Inotay Ferenc országgyűlési képviselő, Mózs József országgyűlési képviselő, Tenke Sándor református lelkész, Rőzse István evangélikus lelkész, Boross Gyula református lelkész és Lukáts Miklós.  E kör tagjai megkezdték az országos szervezést is (Győr, Sopron, Debrecen, Szarvas, Békéscsaba, Gyula, Kondoros, Szekszárd, Pécs és számos budapesti kerület).

Az 1993-as Alapító Levél rögzítette, hogy evangéliumi hittel, nemzetünk iránti politikai felelősséggel, a KDNP Alapelveivel összhangban, az ökumenikus jelleget hangsúlyozva alakult meg a szellemi műhely. Az alapítók mértékadónak tartották eleink politikai vívmányait: a keresztyén szabadság és felelősség elvét, az önkormányzati szuverenitást és a pozitív közösségi erőkkel szövetségre kész nyitottságot. Ma is érvényesek az Alapító Levél e mondatai:

„A történelmet formáló Isten iránti engedelmességgel, az Úr Jézus Krisztusba vetett hittel, a Szentlélek által táplált evangéliumi reménységgel tekintünk hazánk jelenére és jövőjére, s közéleti elkötelezettséggel munkálkodunk az egész nemzet felemelkedésén. A Tízparancsolat és a szeretet nagy parancsolata kötelez minket az alapvető értékek – az élővilág, a személyiség, a család, az egyház, a haza – tiszteletére és védelmére mind a magánéletben, mind a közéletben.”

A Protestáns Műhely első elnöke Lukáts Miklós, az Antall-kormány államtitkára, felavatott evangélikus lelkész volt, akit pár éven át dr. Horkay György gimnáziumi tanár, református tanügyi főtanácsos követett az elnöki székben. Számos segítőjével az országban további helyi szervezetek alakultak. 1996-ban megfogalmazták a Protestáns Műhely első szervezeti és működési szabályzatát, Budapesten és vidéken rendezvényeket tartottak, az elnökségi üléseken rendszeresen megvitatták az aktuális feladatokat, politikai kérdéseket, egyszóval pezsgő élet kezdődött a műhelyben. Amikor elhatalmasodtak az ellentétek a pártban, dr. Horkay György lemondott az elnöki tisztről és visszahúzódott a politikától. Bódor Lajos, majd Karancsi Jánosné vette át a stafétabotot. A KDNP felemelkedését, megtisztulását – sajnos – nem követte a Protestáns Műhely újjászerveződése, megerősödése. Ez a felemelő, nem könnyű feladat vár protestáns tagtársainkra, mindnyájunkra. Csak rajtunk múlik, hogy mivé fejlődik a Protestáns Műhely, be tudja-e tölteni történelmi hivatását, a protestáns választópolgárok megszólítását. 2008-ban elindult a folyamat: négy alelnök kezdte meg a regionális szervezőmunkát az országban. Ablonczy Dánielné a Dunántúlon már több sikeres országos konferenciát szervezett, dr. Horkay György a Tiszántúlon rendezett regionális tanácskozást. Szepesfalvyné Magassy Márta megbízatása Budapest, Bács-Kiskun, Nógrád és Pest megyére szólt. Borsod-Abaúj-Zemplén, Heves és Jász-Nagykun-Szolnok megyében megbízott Déry Zoltán testvérünk – egészségi állapota miatt – sajnos, nem tudja ellátni a szervezést. A nemzetközi kapcsolatok ápolásában továbbra is számítunk dr. Békefy Lajos tapasztalatára, segítségére. Jó lenne mielőbb minél több megyében helyi szervezetet létrehozni. Felekezettől függetlenül várjuk minden protestáns testvérünk: reformátusok, evangélikusok, baptisták és más, kisebb felekezetek tagjainak aktív részvételét a munkában és várjuk a hasznos  ötleteket a szellemi műhely minél színesebbé tétele érdekében.

Meghatározó, új lendületet adott a Protestáns Műhely munkájához a 2010. novemberi tisztújítás: Szászfalvi László államtitkár elnökké választása, valamint Szalai László elnökhelyettes, Ablonczy Dánielné, dr. Birkás Antal és dr. Horkay György elnökségi tag megválasztása.