Negatív megkülönböztetés éri az egyházi iskolákat Ittzés János evangélikus püspök szerint, mivel a kormány nem fenntartó-semlegesen osztja az állami támogatásokat. A nyolcvanmilliárd forintnyi uniós támogatásból mindössze öt felekezeti oktatási intézmény részesült.  
 
„Miközben az Állami Számvevőszék jelentésében kiemelkedően pozitívnak értékelte az egyházi fenntartású iskolákban folyó oktatás színvonalát, a finanszírozásban még az átlagot sem érjük el” – mondta a Magyar Hírlapnak Ittzés János, a Magyarországi Evangélikus Egyház elnök-püspöke annak kapcsán, hogy a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség által az iskolafejújításra, infrastruktúra-fejlesztésre kiosztott nyolcvanmilliárd forintnyi uniós pályázati pénzből csak öt egyházi fenntartású intézménynek jutott, az evangélikus iskolák közül egynek sem.

„A kormányzat ismét bebizonyította, hogy nem fenntartó-semlegesen osztja a támogatást, az egyházi iskolák negatív megkülönböztetésben részesülnek” – mondta. Miközben a rendszerváltás óta visszakapott iskolaépületek zöme rendkívül lepusztult állapotban volt, a felújítások költségei óriási terhet jelentenek a felekezeteknek.

„A tárca egyfajta tévedésnek ítéli csupán azt a tényt, hogy az ÁSZ szerint csaknem hárommilliárd forinttal kevesebb egyházi kiegészítő támogatást kaptak a felekezeti iskolák 2005-ben és 2006-ban, mint azt a törvény előírja. Mi már ezt korábban is jeleztük, azonban a minisztérium továbbra sem hajlandó kifizetni a jelentős összeget” – mondta Ittzés János a Magyar Hírlapnak.