Az alapvető jogok biztosának álláspontja szerint több ponton is ellentétesek a hatalommegosztás elvével, a tisztességes eljáráshoz való joggal, valamint jogorvoslathoz való joggal az egyházak elismerését szabályozó törvényi rendelkezések. Szabó Máté több vallási szervezet kezdeményezésének elemzése után az Alkotmánybírósághoz fordult.

Az Országgyűlés által 2011. december 30-án elfogadott és 2012. január 1-jén hatályba lépett, a lelkiismereti és vallásszabadság jogáról, valamint az egyházak, vallásfelekezetek és vallási közösségek jogállásáról szóló törvényben az ombudsman alaptörvény-ellenesnek találta azt a rendelkezést, amely – a hatalmi ágak megosztásának alkotmányos alapelvét kikezdve - az Országgyűlés egyedi és megfellebbezhetetlen döntésétől teszi függővé az egyházi státusz megadását. 

Az ombudsman álláspontja szerint, ha az egyházi státusz megadásánál a döntéshozót mérlegelési jog illeti meg, akkor törvényben kell szabályozni a mérlegelés szempontjait. Az ilyen elvek, rendelkezések hiányoznak a törvényből, és ez a döntéshozatalt politikai alkuk tárgyává teheti. Szabó Máté arra is rávilágít, hogy szükség lenne az elutasító döntés megindokolására is, de a törvény ebben az esetben sem ír elő indokolási kötelezettséget, így nem tudható meg, mi az elutasítás alapja. Az egyházi státuszról hozott döntéssel szembeni jogorvoslati eszköz szintén hiányzik a jelenlegi szabályozásból.