IX. Gergely volt az első, ő nem sokkal Szent Ferenc halála után, 1235-ben látogatott el a sírhoz. A középkorban gyakran vendégeskedtek a pápák a ferenceseknél, olykor hosszabb ideig is. IV. Ince az egész római kúriával együtt egyszer fél évig maradt az umbriai városban. XXIII. János pápa 1962. október 4-én, a II. Vatikáni Zsinat megnyitásának előestéjén vonattal érkezett a tanácskozás helyszínére, Assisiba.

II. János Pál hatszor is járt ott. Először néhány héttel megválasztása után, 1978 novemberében. Másodszor 1982-ben, a szent születésének nyolcadik centenáriuma alkalmából. A harmadik látogatás az 1986-os béke-imatalálkozó alkalmával történt, amelyen a pápa meghívására a különböző világvallások vezetői vettek részt. Negyedik útja is békemisszió volt, 1993-ban a háború sújtotta Bosznia-Hercegovináért imádkozott Szent Ferenc sírjánál más keresztény közösségek vezetőivel, valamint iszlám és zsidó vallási vezetőkkel együtt. 1997-ben az előző évi assisi földrengés áldozataiért fohászkodott a városban. Utolsó, 2002-es útjának célja ismét a világbékéért imádkozás volt, más meghívott vallási vezetőkkel együtt.

XVI. Benedek pápa 2007 januárjában, Szent Ferenc megtérésének nyolcszázadik évfordulója alkalmából járt először pápaként Assisiben, másodszor pedig 2011-ben, az elődje által kezdeményezett béketalálkozó negyedszázados évfordulóján szintén oda hívta a világ vallási vezetőit.

Assisiben a ferencesek nagyon örülnek annak, hogy az új pápa első olaszországi útja hozzájuk vezet. A jezsuita pápa már több jelét adta annak, hogy vonzódik a ferenci karizmához, és számít a ferences család támogatására. Székfoglaló szentmiséjén az ő kérésére az alvernai ferences novíciusok habitusban végeztek oltárszolgálatot, első fontos személyi döntésével pedig a ferences generálist, José Rodríguez Carballót a megszentelt élet, vagyis a szerzetesi kongregáció titkárává nevezte ki – olvasható a sajtóközpont közleményében.