Az egyházi közoktatási intézményekben a vizsgált időszakban erkölcsi alapú, értékközpontú és eredményes nevelési-oktatási munka folyt. Az iskolai oktatást és a pedagógusok eredményességét a kiemelkedően jó tanulmányi átlag, az országos versenyeken elért helyezések, a sikeres érettségi és nyelvvizsgát tevők, valamint a felsőoktatásban továbbtanulók száma mutatja. Az egyházi közoktatási intézmények tanulói az országos kompetenciaméréseken az átlag felett teljesítettek – ezek a mondatok nem egy történelmi felekezet által kiadott propagandafüzetben olvashatók, hanem az Állami Számvevőszéknek a közoktatás viszonyait feltáró vizsgálatában. Ugyanebben a dokumentumban rögzítette a független testület azt is, hogy az állam 2005-ben és 2006-ban 2,7 milliárddal rövidítette meg az egyházi oktatási intézményeket. A válasz a szaktárca részéről: nem egyértelmű az úgynevezett kiegészítő normatíva számítási módja, ez okozta a problémát.

Az évek óta napirenden lévő vita az egyházak és a kezdetben koalíciós, most már csak kisebbségi szocialista kormányzat között nem értelmezhető egy rövid múltidézés nélkül. A második világháború után berendezkedő kommunista hatalom egyik első és egyben legfontosabb lépése volt az oktatás államosítása. Korábban ugyanis igen jelentős volt az egyházak tevékenysége ezen a területen, márpedig a lenini materializmust ideológiai zászlajára tűző hatalom nem tűrhette a felekezetek szellemiségének továbbadását az új generációnak. A rendszerváltozás után a kárpótlás keretében az egyházi oktatás ügye is felmerült, a katolikusok esetében a kérdést végül az 1997-es Vatikáni Szerződésben rendezte az állam, de mindegyik történelmi egyházzal megköttetett egy erre vonatkozó kontraktus.

A rendszert az alaptörvénynek a vallásszabadságra és a szabad iskolaválasztás elvére hivatkozva rögzítette a jogalkotó, és mindkét fél megelégedésére működött 2005-ig, amikor is az SZDSZ-es Magyar Bálint vezette oktatási tárca jelentős mértékben csökkentette a kiegészítő normatívát. Az egyházak tiltakoztak és az Alkotmánybírósághoz fordultak, az érintett iskolák diákjai, valamint a szülők és a tanárok tüntetést is szerveztek – eredmény nélkül. A liberálisok erre úgy reagáltak, hogy a parlamentben szülői leveleket olvastak fel. Ezekben arról panaszkodtak, hogy a tüntetésen részt nem vevő diákoknak minden tárgyból dolgozatot kellett írniuk. Az érintett iskola igazgatója persze cáfolt. Mindenesetre az Állami Számvevőszék most, évekkel később a tüntetőknek adott igazat, amikor kimondta: törvénytelenül 2,7 milliárd forinttal kevesebbet fordított felekezeti oktatásra a központi költségvetés.

A minisztérium reakciójában mindössze a kiegészítő támogatás számítási módjának egyértelművé tételét ígérte. El is készült egy kormányrendelet, azonban az egyeztetések hiánya miatt az egyházak újfent tiltakoztak. A dolgok jelenlegi állása szerint – az evangélikusok kérésére – folytatódnak a tárca és a felekezetek közötti tanácskozások, így nyár végére várható csak megoldás. Semjén Zsolt, a KDNP elnöke szerint érthetetlen, miért kell változtatni a számítás módján, ha évekig nem volt vele gond. Mint mondta, a kormánynak csupán be kéne tartania a törvényt. Bölcskei Gusztáv református püspök azt kifogásolta, hogy törvényi szabályozás helyett kormányrendelet tisztázná az évek óta húzódó konfliktust, holott az ÁSZ jogszabályi rendezést javasol.

Addig is a minisztériumnak újabb független testület álláspontjára kell magyarázatot adnia, mivel az Alkotmánybíróság az alaptörvénybe ütközőnek minősítette a közoktatási törvény egyházi iskolákat érintő normatív finanszírozási gyakorlatát. A KDNP szerint ezek után meneszteni kéne Hiller Istvánt, az oktatási tárca szerint viszont nekik semmilyen jogalkotási és költségvetési feladatuk nincsen. A kereszténydemokraták úgy látják, tudatos egyházellenes kultúrharc folyik. Annyi mindenesetre biztos, hogy a liberális felfogás szerint az egyházaknak saját magukat kellene ellátniuk, csakhogy a felekezetek joggal vetik fel: iskoláik fenntartásával közfeladatot látnak el, amit az alkotmányban rögzített elvek szerint az államnak igenis biztosítania kell. A szélesebb társadalom, de a közszereplők is előszeretettel keverik az egyház támogatását a közszolgálati tevékenység támogatásával